残血船的修复与保存是舰队管理的核心环节。残血船若处理不当，将直接导致资源浪费与战力缺口。游戏内修复机制分为基地修理与野外修理两种模式，前者需将船只撤回基地船坞，消耗金属与晶体资源，修复时间与损伤程度成正比；后者则需将船只移动至特定修理点（通常位于星球或太空站附近），选择全面修理或部位修理，前者恢复全部状态但耗时较长，后者针对性修复关键系统以快速恢复作战能力。需修理期间船只无法参与战斗，重度损伤的舰船可能需数小时才能修复完毕。
全面修理虽能彻底恢复船只状态，但消耗资源量较大，适合战列巡洋舰等主力舰；部位修理则优先修复武器系统或动力模块，适合急需重返战场的驱逐舰或护卫舰。修理资源可通过日常任务、采矿或交易获取，建议玩家提前储备金属与晶体资源，尤其是重氢作为高级修理的必备材料。修理点通常被标记为绿色图标，需通过战略地图提前规划航线，避免残血船在转移途中遭敌方伏击。
残血船在战斗中会自动后退躲避伤害，但该机制无法完全避免损毁。建议为每支主力舰队配置1-2艘工程舰作为后勤保障，其携带的预制维修模块能提供紧急修复功能。需注意，预制模块仅能维持船只基础运转，彻底修复仍需返回基地。当多艘船只受损时，应优先修复带有紧急规避系统的舰船，这类船只修复后能显著提升后续战斗的生存率。
舰船蓝图中的损管系统技术树可降低20%-35%维修耗时，建议为常用主力舰优先加点。侦察舰的曲率引擎强化技术能缩短往返修理点的时间，工程舰的仓储扩容技术则提升资源携带量。需注意，技术点重置需消耗紫币，非必要情况下不建议频繁洗点。部分特殊舰船如苔原载机型自带维修无人机，其修复效率与技术点投入成正比。
五级基地可建造前哨指挥中心，其辐射范围内的舰队能获得10%维修速度加成。同盟共享的维修平台可同时处理多艘舰船，但需消耗同盟贡献值。采矿平台虽主要功能为资源采集，但其30%的采集加成也间接提升维修资源供给。当遭遇大规模战损时，可启用未央理财计划储备的应急资源包，该方案能立即补充5万单位金属与3万单位晶体。
战斗前通过侦察舰获取敌方舰队构成，针对性调整舰船护甲类型。火炮类武器对护卫舰伤害加成达45%，鱼雷对驱逐舰有30%穿透效果，合理配置能减少己方损伤。舰队交战时注意控制撤退时机，当总体血量低于40%时应启动自动撤回功能。日常任务中的封锁任务可获取维修加速道具，但需注意该任务可能引发敌对势力报复。
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