大掌门2中，武功系统是核心玩法之一，不同角色掌握的武功技能直接影响战斗策略与阵容搭配。游戏内武功分为内功、外功、轻功和特殊武功四大类，每类武功由特定角色施展并具备独特效果。例如九阳神功、北冥神功等内功心法由治疗型或防御型角色使用，而降龙十八掌、六脉神剑等外功多为高输出角色专属。轻功如凌波微步通常由敏捷型角色掌握，而绝学类武功如倚天屠龙记则需特定剧情解锁。
主角及核心弟子往往拥有多类型武功组合。以十一郎为例，其主动技能幻影霹雳和天雷破兼具高伤害与控制效果，被动技能龙之血脉则强化生存能力。这类角色需优先升级核心技能，并搭配提升攻击力与暴击率的装备。西门吹雪、李寻欢等热门弟子同样拥有标志性武功，如西门吹雪的剑法以单体爆发见长，李寻欢的飞刀技能则擅长远程精准打击。合理分配技能点与资源是发挥角色武功潜力的关键。
群攻武功在清场和PVP中作用显著。九阴白骨爪的溅射伤害、六脉神剑的直线穿透以及毒龙旋风扫的中毒效果，均为应对群体敌人的有效手段。掌握此类武功的角色需根据敌方阵型调整站位，例如面对密集敌人时优先使用范围伤害技能，而直线排列的对手则适合穿透类武功。武功间的联动效果也需注意，如先用控制技能限制敌人行动再发动高伤群攻可最大化输出效率。
将十一郎作为主输出时，可搭配沈炼等提供增益的辅助角色；西门吹雪适合与拥有控制技能的弟子组队。缘分系统进一步强化武功联动，例如特定弟子同时上阵可激活攻击或防御加成。资源有限时，建议集中培养1-2名核心输出角色，确保其武功等级与装备强度，再逐步完善辅助与控场角色的武功配置。
观察敌方防御状态选择技能释放时机，例如在敌人防御降低时使用高耗内力的绝学。PVP中需预判对手武功类型，通过调整阵容或站位规避关键伤害。心法搭配也影响武功效果，回血类心法适合持久战，而暴击强化类心法则利于速攻。持续优化武功组合与战术应对，是提升整体战力的必经之路。
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